Nhân vật chính của truyện là một thám tử học sinh trung học có tên là Kudo Shinichi, người đã bị biến thành một cậu bé cỡ học sinh tiểu học và luôn cố gắng truy tìm tung tích tổ chức Áo Đen nhằm lấy lại hình dáng cũ.